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Observatoire du Végétal

Phénotypage haut débit chez Arabidopsis thaliana

INRA - Centre de Versailles-Grignon

WebPheno

http://phenoscope.versailles.inra.fr

Le Phenoscope est un outil de phénotypage haut-débit dédié à la culture et à l'observation de centaines de plantes, cultivées dans des pots individuels. Il est typiquement exploité pour le suivi de la croissance végétative d'un grand nombre de génotypes sous différents régimes d'arrosage.

Phenoscope from Labex SPS on Vimeo.

Les pots tournent en continu (cycle typique de 4 heures) le long d'un circuit fermé consistant en une succession d'allers-retours, ce qui permet d'exposer plus de 700 plantes à des conditions très homogènes. Des stations de pesée/arrosage sont utilisées pour suivre et ajuster la disponibilité en eau et en éléments nutritifs selon des scénarios précis définis par l'utilisateur pour chaque pot et chaque cycle. Des paramètres phénotypiques sont acquis au niveau des stations d'imagerie (visible et infra-rouge) de façon automatisée et non-destructive. Le Phenoscope est spécifiquement étudié pour gérer des plantes de petite taille (Arabidopsis) au long de leur phase végétative et n'est pas (encore) adapté pour les suivre après l'initiation florale ou pour décrire une croissance en 3D. Nous avons montré que le gain moyen permis par l'utilisation des Phenoscopes était d'un facteur 3 environ (en terme de réduction de l'hétérogénéité environnementale ou du nombre de répétitions nécessaires).

Ces robots permettent de réaliser des expériences qui seraient souvent irréalistes ou non-répétables à la main.

Les Phenoscopes sont idéalement exploités dans des projets de génétique quantitative (QTL, GWAS), des screens de mutants, ou toute autre expérience à grande échelle nécessitant la comparaison de centaines d'individus dans différents environnements. Ils peuvent aussi être utiles pour une caractérisation détaillée d'un petit nombre de génotypes (en particulier en comparaison avec d'autres jeux de données disponibles dans notre base de données) et pour l'établissement de courbes de réponse au traitement, où plusieurs niveaux graduels de stress sont appliqués.

Il n'existe que 4 de ces robots dans la communauté, tous situés à l'IJPB (INRA site de Versailles) au sein de l'Observatoire du Végétal. Ils sont disposés dans 2 chambres de cultures dédiées aux conditions différentes (lumière). Les conditions environnementales sont volontairement très contraintes et nous favorisons les expériences dans nos conditions standards, à savoir jours courts (photopériode de 8h), température (21° J / 18° N) et hygrométrie (65%RH) classiques.

Le PhenoscopeTM fait l'objet d'un brevet INRA.

Pour plus d'informations (et pour citation) : Tisné et al., The Plant Journal, 2013

Contactez-nous à phenoscope[at]versailles.inra.fr

Merci de toujours nous contacter AVANT de soumettre un projet qui pourrait utiliser le Phenoscope, ou nous pourrions ne pas être en mesure de répondre à vos besoins !

Contacts entreprises et organismes scientifiques

Directeur de recherche

Olivier Loudet

Ingénieur de recherche

Christine Camilleri

Tél : +33 (0)1 30 83 30 00
Tél : +33 (0)1 30 83 33 16
Fax : +33 (0)1 30 83 33 19

Contact e-mail

Adresse

Phenoscope
Institut Jean-Pierre Bourgin
Bâtiment 7
INRA Centre de Versailles-Grignon
Route de St-Cyr (RD10)
78026 Versailles Cedex France

http://phenoscope.versailles.inra.fr

 

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